Pouco tempo depois da independência, Moçambique mergulhou numa guerra civil que opunha o partido do Governo à Resistência Nacional Moçambicana (RENAMO), um movimento apoiado pela e pela , para além de contar com a ajuda de antigos colonos portugueses e de algumas camadas da população moçambicana. O conflito teve consequências extremamente negativas e dramáticas para o país.
Nos anos 80, a guerra civil sofreu uma escalada e o conflito tornou-se excepcionalmente brutal. Os sistemas de saúde e educativo entraram em colapso e, em muitas outras regiões, a produção agrícola desapareceu. A grande seca de meados da década provocou uma terrível fome. Quando chegou a década de 90, tinham morrido um milhão de pessoas, cerca de um milhão e meio tinham abandonado os campos e quatro milhões saíram do território.
Aliás, foi precisamente em 1990 que alguns factores de ordem externa influenciaram o curso dos acontecimentos: a política sul-africana mudou radicalmente e o bloco soviético, principal apoiante da FRELIMO, desagregou-se.
A situação só foi ultrapassada com o acordo de paz assinado, entre a FRELIMO e a RENAMO, no dia 4 de Outubro de 1992, que estabelecia o fim da guerra civil e a desmobilização de ambas as tropas, além da alteração constitucional que previa a abertura da vida política a outras forças. O povo moçambicano voltou a estar em paz 16 anos depois.
No final de Outubro de 1994, com as forças das Nações Unidas no terreno, realizaram-se as primeiras eleições multipartidárias para a legislatura e a presidência da República, cujos resultados deram a vitória à FRELIMO e a Joaquim Chissano, líder do partido, com Afonso Dhlakama, líder da RENAMO, a reconhecer e aceitar a vitória dos seus adversários, assegurando novamente o empenho em desmobilizar as suas forças militares.
Esta estabilidade política e social veio encorajar o investimento estrangeiro no território, destacando-se a actuação da , não só pela redução drástica da enorme dívida que tinha perante os britânicos mas também pelas doações de capital dos ingleses. Estas iniciativas tiveram o condão de fortalecer os laços entre os dois países, levando mesmo a que, em 1995, Moçambique entrasse para a Commonwealth, embora sem alteração, por exemplo, da língua oficial que continua a ser o português.